Zróżnicowane źródła zakażenia C. difficile zidentyfikowane w sekwencjonowaniu całego genomu AD 3

Przeprowadziliśmy sekwencję izolatów powtórzeń o różnych typach sekwencji od tego samego pacjenta, co pozwoliło nam uwzględnić wpływ mieszanych zakażeń i reinfekcji podczas transmisji. Dane były dostępne dla wszystkich pacjentów przebywających na przyjęciach do szpitala, w całym szpitalu oraz w macierzystych okręgach kodowych (28 różnych miejscach) i ogólnych praktykach lekarskich.
Sekwencjonowanie
DNA zostało wyekstrahowane i zsekwencjonowane przy użyciu technologii Illumina.17 Odczyty sekwencji zostały zmapowane do genomu referencyjnego, a pary zasad wywołują w każdej pozycji w genomie, które zostały zidentyfikowane po zastosowaniu filtrowania jakości w celu identyfikacji wariantów pojedynczych nukleotydów (SNV) pomiędzy parami zsekwencjonowanych izolatów i porównaniach filogenetycznych. (Szczegóły dotyczące sekwencjonowania, w tym współczynniki błędów, znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.)
Analiza epidemiologiczna
Relacje epidemiologiczne między przypadkami genetycznie powiązanymi zostały sklasyfikowane jako kontakt kontaktowy , jeśli przypadki wystąpiły u dwóch pacjentów, którzy przebywali w tym samym oddziale szpitalnym w tym samym czasie i jeśli okres ten był zgodny z transmisją między pacjentami. Aby takie przeniesienie miało miejsce, przyjęto, że przypadki były zakaźne od tygodnia przed diagnozą przez 8 tygodni po diagnozie, 10, 18, 19 z okresem inkubacji (czas od nabycia C. difficile do diagnozy zakażenia). 0 do 12 tygodni.1,10 Pacjentów, u których uzyskano wiele próbek, uznano za zakaźnych przez 8 tygodni od ostatniego pozytywnego testu. Jeśli nie istniał kontakt na oddziale, pacjenci mogliby być związani czasem (jak wyżej) w tym samym szpitalu (kontakt w szpitalu) lub przez kontakt z tym samym oddziałem, ale z przerwą do 28 dni oddzielającą wydzielanie (lub koniec infekcyjności). ) pierwszego pacjenta i przyjęcia drugiego pacjenta (zaklasyfikowanego jako zakażenie oddziału). Pacjenci, których przypadki zostały sklasyfikowane jako osoby kontaktowe w społeczności, otrzymali opiekę z tej samej ogólnej praktyki medycznej lub mieszkali w tym samym dystrykcie pocztowym.
Przeprowadzono analizę wrażliwości, w której definicja kontaktu ze szpitalem nie była ograniczona do określonego okresu infekcyjności, inkubacji lub narażenia na oddziale. W przypadku pacjentów z genetycznie pokrewnymi zakażeniami, którzy nie mieli kontaktu ze szpitalem, zbadaliśmy, czy moglibyśmy połączyć pacjentów z nierozpoznaną infekcją lub bezobjawową kolonizacją za pomocą danych z ruchu szpitalnego od pacjentów z negatywnymi wynikami testu immunologicznego enzymu i pacjentów hospitalizowanych bez biegunki (szczegółowe informacje można znaleźć w Dodatku Dodatek).
Przestudiuj badanie
Badanie zostało zatwierdzone przez Berkshire Research Ethics Committee i National Information Governance Board, co nie wymagało od pacjentów pisemnej świadomej zgody
[patrz też: bortezomib, dentysta olsztyn, ambroksol ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: ambroksol bortezomib dentysta olsztyn