Zróżnicowane źródła zakażenia C. difficile zidentyfikowane w sekwencjonowaniu całego genomu AD 4

Wszyscy autorzy gwarantują kompletność i dokładność danych i analiz. Wyniki
Badanie próbek
Od września 2007 r. Do marca 2011 r. Do testów na C. difficile zgłoszono 40 924 próbki kału. Z tych próbek 2377 testowało pozytywnie na C. difficile w teście immunoenzymatycznym, uzyskując ogólny poziom 8,5 pozytywnych próbek na 10 000 hospitalizowanych noclegów i 13,0 na miesiąc dla pacjentów ambulatoryjnych i pacjentów w społeczności. Z próbek o wynikach dodatnich w teście immunoenzymatycznym pobrano 2283 (96%) do hodowli. Spośród tych próbek 1714 (75%) było dodatnich pod względem kulturowym dla C. difficile, co stanowi 1250 zakażeń po uwzględnieniu powtarzających się próbek o tym samym typie sekwencji. Spośród tych izolatów udało się zsekwencjonować 1223 (98%) (ryc. S2 w dodatkowym dodatku): 862 (71%) od szpitali uniwersyteckich Uniwersytetu Oksfordzkiego, 246 (20%) z ogólnych praktyk medycznych, 60 (5%) z Oksfordu Szpitale uniwersyteckie ambulatoryjne i 55 (4%) z innych szpitali.
Mediana wieku w chwili rozpoznania zakażenia C. difficile wynosiła 78 lat (zakres międzykwartylowy, 66 do 86). Najbardziej rozpowszechnionymi typami sekwencji były sekwencje typu (rybotyp 027) w 214 próbkach (17%), sekwencja typu 8 (rybotypy 002 i 159) w 110 próbkach (9%) i sekwencja typu 2 (rybotypy 014, 020, 076, i 220) w 103 próbkach (8%).
Różnorodność genetyczna w obrębie poszczególnych pacjentów
Analiza ewolucji i różnorodności genetycznej C. difficile u poszczególnych pacjentów stanowi podstawę do interpretacji różnic w SNV wśród pacjentów. Ocenialiśmy pierwsze i ostatnie próbki uzyskane od 145 pacjentów w odstępie medynowym 51 dni (zakres międzykwartylowy, 28 do 105, prosty zakres, od 0 do 561), stosując model oparty na teorii koalescencji (w której wszystkie allele genu, jest dzielone przez wszystkich członków populacji, są śledzone do jednej kopii przodków) (szczegóły patrz Suplement Uzupełniający) .20 Na podstawie tej oceny szacowany współczynnik ewolucji wynosił 0,74 SNV (95% przedział ufności [CI], 0,22 do 1,40) na pomyślnie zsekwencjonowany genom na rok, a średnie zróżnicowanie wewnątrz gospodarza wyniosło 0,30 SNV (95% CI, 0,13 do 0,42). Korzystając z opartych na modelach interwałów predykcyjnych 95%, ustaliliśmy, że oczekiwane byłyby 0 do 2 SNV między izolatami, które uzyskano w odstępie mniejszym niż 124 dni, a oczekiwane byłyby 0 do 3 SNV między izolatami, które uzyskano w odstępie 124 do 364 dni (ryc.
Różnorodność genetyczna wśród pacjentów
Rysunek 1. Rycina 1. Różnice genetyczne i zależności epidemiologiczne między izolacjami 957 otrzymanymi od pacjentów z zakażeniem Clostridium difficile. Panel A pokazuje liczbę wariantów pojedynczych nukleotydów (SNV) pomiędzy każdą próbką uzyskaną w okresie od kwietnia 2008 r. Do 31 marca 2011 r., A najbardziej zbliżoną poprzednią próbkę uzyskaną po września 2007 r.
[podobne: Stomatolog Kraków, stomatologia Kraków, dentysta olsztyn ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: dentysta olsztyn Stomatolog Kraków stomatologia Kraków