Zróżnicowane źródła zakażenia C. difficile zidentyfikowane w sekwencjonowaniu całego genomu AD 5

Panel B pokazuje odsetki izolatów sklasyfikowanych jako spokrewnione genetycznie, według różnych progów SNV, wraz z epidemiologicznymi powiązaniami między pokrewnymi izolatami. Z 957 zsekwencjonowanych izolatów od pacjentów zakażonych C. difficile, uzyskanych od kwietnia 2008 r. Do marca 2011 r., Łącznie 333 (35%) było genetycznie spokrewnionych z co najmniej jednym izolatem uzyskanym z poprzedniego przypadku od września 2007 r. Do marca 2011 r. (Związek genetyczny został zdefiniowany jako .2 SNV pomiędzy dwoma izolatami, związek, który jest wystarczająco blisko, aby wspierać transmisję na podstawie podanych przedziałów predykcji.) Izolaty 266, które otrzymano od września 2007 r. do marca 2008 r. zostały włączone jako potencjalne źródła na późniejszy okres czasu. Zakażenia C. difficile, ponieważ pacjenci ci mogli uzyskać C. difficile z przypadku przed rozpoczęciem badania. Z 957 zsekwencjonowanych izolatów, 428 (45%) miało więcej niż 10 SNV, w porównaniu ze wszystkimi poprzednimi zsekwencjonowanymi próbkami uzyskanymi od września 2007 r. (Figura 1A). Wyniki były podobne w analizie wrażliwości po podstawowym dostosowaniu do rekombinacji (Tabela S2 i Rys.
Tabela 1. Tabela 1. Klasyfikacja 957 przypadków infekcji C. difficile według progu SNV stosowanego do zdefiniowania zależności genetycznej. Spośród 333 pacjentów z C. difficile genetycznie spokrewnionych z poprzednią infekcją 126 (38%) miało kontakt z kontaktem z poprzednim pokrewnym genetycznie przypadkiem, 5 (2%) było związanych tylko z możliwym zakażeniem odrębu po wypisaniu lub odzyskaniu pacjent zakaźny, 29 (9%) przebywał w tym samym szpitalu, ale nigdy nie był na tym samym oddziale, a 21 (6%) miało zarówno kontaminację w oddziale, jak i kontakt w szpitalu. W przypadku pozostałych 152 pacjentów (46%) nie można było nawiązać kontaktu szpitalnego. Spośród tych pacjentów 15 (10%) było pacjentami o tej samej ogólnej praktyce medycznej, a 17 (11%) mieszkało w tym samym dystrykcie pocztowym. Ogółem 120 pacjentów (36%) nie odnotowało żadnych kontaktów szpitalnych ani społecznościowych w przypadku wcześniejszego genetycznie powiązanego przypadku. Nawet gdy okresy infekcji, inkubacji i skażenia oddziału były nieograniczone, 68 pacjentów (20%) nie miało kontaktu ze szpitalem lub społecznością (Tabela Wyniki były spójne, gdy zastosowano inne progi SNV do definicji genetycznie powiązanych przypadków (Tabela i Figura 1B).
Epidemiologicznie niewyjaśnione przypadki
Zbadaliśmy kilka możliwych wyjaśnień dla źródła 120 przypadków, dla których nie było epidemiologicznego wytłumaczenia dla związku genetycznego (Tabela Mediana czasu od ostatniego pokrewnego przypadku genetycznego wynosiła 113 dni (zakres międzykwartylowy, 28 do 281), co sugeruje, że źródła punktowe lub skażenie laboratoryjne (próbek przetwarzanych w cotygodniowych partiach) były mało prawdopodobne
[podobne: cysta naskórkowa, torbiel galaretowata, usg brzucha kraków ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: cysta naskórkowa torbiel galaretowata usg brzucha kraków