Zróżnicowane źródła zakażenia C. difficile zidentyfikowane w sekwencjonowaniu całego genomu AD 7

Porównaliśmy również wyniki poprzednich analiz, które były oparte na łączeniu genotypowania (za pomocą typowania sekwencyjnego multilocus) i danych epidemiologicznych10 z liczbą SNV pomiędzy pacjentami (ryc. 2). Spośród 190 par pacjentów ze stażem kontaktowym, którzy mieli ten sam typ sekwencji, 126 (66%) miało nie więcej niż 2 SNV (zgodne z transmisją); 54 (28%) miało między sobą ponad 10 SNV. Dla porównania, z 302 pacjentów, którzy byli powiązani z innymi formami kontaktu szpitalnego (przeważnie z czasem dzielonym), tylko 41 (14%) miało nie więcej niż 2 SNV, a 230 (76%) miało co najmniej 10 SNV, co wykluczało transmisję to było wcześniej uważane za wiarygodne. Czasowe wzorce w różnorodności
Rycina 3. Rycina 3. Czas i rozmiar klastra genetycznego C. difficile. Izolaty zawierające więcej niż 10 SNV z dowolnej poprzedniej próbki zostały zdefiniowane jako odrębne podtypy genetyczne i są wykreślane na oddzielnych poziomych liniach, zgodnie z datą pierwszej izolacji w Oxfordshire. Izolaty uzyskane w okresie od września 2007 r. Do marca 2008 r. (Okres docierania) zostały włączone jedynie jako potencjalne źródła późniejszych zakażeń C. difficile, ponieważ pacjenci mogli nabyć C. difficile z przypadku przed rozpoczęciem badania. (Modele szacujące całkowitą różnorodność populacji przedstawiono na ryc. S5 w Dodatku uzupełniającym).
Biorąc pod uwagę różnorodność obserwowaną w gospodarzu w czasie, ustaliliśmy, że prawdopodobieństwo zaobserwowania więcej niż 10 SNV w trakcie ewolucji podczas 3,6-letniego okresu badania było mniejsze niż 0,001. Aby ocenić liczbę genetycznie różnych klasterów przypadków, które wystąpiły podczas badania, zdefiniowaliśmy różne podtypy oddzielone przez więcej niż 10 SNV od wszystkich innych przypadków (Ryc. 3). Liczba przypadków każdego podtypu różniła się znacznie. Oprócz wyraźnego grupowania przypadków w czasie, znaleźliśmy przypadki, w których przypadki z tej samej linii były rozdzielane długimi okresami bez przypadku. W 12 przypadkach genetycznie nieodróżnialne szczepy zostały odzyskane w odstępie ponad roku bez żadnych interwencji. Wyraźne podtypy zostały konsekwentnie zidentyfikowane podczas całego badania, co sugeruje, że przypadki powstały ze znacznego rezerwuaru (ryc. S5 w dodatku uzupełniającym).
Rysunek 4. Rysunek 4. Tendencje w przypadkach genetycznie powiązanych i wyodrębnionych, według daty. Przedstawiono przypadki zakażenia C. difficile, które różniły się genetycznie (> 10 SNV) od wszystkich poprzednich przypadków (na podstawie próbek uzyskanych po września 2007 r.) (Panel A), przypadki, które były genetycznie pokrewne (. 2 SNV) ( Panel B) i przypadki, które były genetycznie powiązane i albo miały łącze szpitalne (Panel C), albo nie miały połączenia szpitalnego (Panel D). Populacja badana wynosiła 600 000 osób, więc odsetek 30 przypadków na miesiąc odpowiada 5 przypadkom na 100 000 osób na miesiąc
[więcej w: dentysta legnica, stomatolog bydgoszcz, stomatolog dziecięcy ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: dentysta legnica stomatolog bydgoszcz stomatolog dziecięcy