Zróżnicowane źródła zakażenia C. difficile zidentyfikowane w sekwencjonowaniu całego genomu AD 8

Niebieskie linie wskazują oparte na modelach szacunki współczynnika rocznego stopy procentowej. (Szczegóły dotyczące modeli regresji, które zostały wykorzystane w analizie i trendów w genetycznie powiązanych przypadkach pogrupowanych według obecności lub braku rybotypu 027, podano w Dodatkowym dodatku.) Aby przetestować hipotezę, że interwencje mające na celu zmniejszenie transmisji mogły preferencyjnie wpłynąć na genetycznie powiązane przypadki, porównaliśmy częstość występowania przypadków zakażenia C. difficile spowodowanych przez genetycznie różne izolaty (te z> 10 SNV z dowolnego poprzedniego przypadku) z częstością występowania przypadków genetycznie powiązanych z poprzednią sprawą (. 2 SNV). Pomimo znacznego zróżnicowania częstości przypadków genetycznie odrębnych i pokrewnych, zaobserwowano tendencję spadkową w dwóch rodzajach przypadków, bez dowodów na istotną różnicę między redukcją w grupie (P = 0,44 dla heterogeniczności) (Figura 4A i 4B). Wśród genetycznie powiązanych przypadków zaobserwowano znaczną redukcję w przypadkach, które dotyczyły znanego kontaktu szpitalnego, bez zmian w innych przypadkach w czasie (P <0,001 dla heterogeniczności) (Figura 4C i 4D). Genetycznie powiązane przypadki powodowane przez typ sekwencji (ST) C. difficile znany jako North American Pulsed Field type (NAP1) i ribotype 037 PCR (PCR) reakcji łańcuchowej (ST1 / NAP1 / 027) stanowiły dużą część tego zmniejszyć (rys. S6 w dodatkowym dodatku).
Pacjenci z genetycznie spokrewnionymi izolatami wykazywali tendencję do starzenia się (mediana wieku 81 lat, odległość międzykwartylowa od 70 do 87) niż osoby z genetycznie odmiennymi izolatami (mediana wieku, 76 lat, odległość międzykwartylowa, 64 do 85, p <0,001). Na podstawie definicji nadzoru 253 z 333 przypadków genetycznie powiązanych (76%) sklasyfikowano jako początki opieki zdrowotnej lub powiązane z opieką zdrowotną w porównaniu z 282 z 428 odrębnych genetycznie przypadków (66%) ( P = 0,003).
Dyskusja
W trwającym 3,6 roku badaniu sekwencjonowania całego genomu izolatów z ponad 1200 pacjentów z zakażeniem C. difficile, którzy żyli na określonym obszarze geograficznym z typową częstością występowania infekcji21 i standardowymi praktykami kontroli zakażeń, 2 stwierdziliśmy, że znaczna liczba pacjentów nabyła C. difficile ze źródeł innych niż objawowe pacjenci z pozytywnymi wynikami dla toksyny C. difficile w teście immunoenzymatycznym. Tylko 35% przypadków było genetycznie związanych z co najmniej jednym poprzednim przypadkiem (tj. . 2 SNV). Dane te pokazują, że w większości przypadków zakażenie C. difficile nie jest przenoszone z innego objawowego pacjenta. To odkrycie jest oparte wyłącznie na danych z całego genomu i dlatego nie zależy od potencjalnie niekompletnych danych epidemiologicznych, które były kluczowym ograniczeniem wcześniejszych badań nad transmisją opartą na genotypie10,11, które mogłyby oceniać jedynie transmisję opartą na oddziale12. Stosowanie większej dyskryminacji zapewnianej przez sekwencjonowanie całego genomu, okazało się, że 13% przypadków było genetycznie spokrewnionych i dotyczyło kontaktu z kontaktem, a 19% przypadków było genetycznie powiązanych i wiązało się z jakimś kontaktem szpitalnym
[hasła pokrewne: stomatolog płock, stomatolog dziecięcy, dentysta Kraków ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: dentysta Kraków stomatolog dziecięcy stomatolog płock